益生菌，本身就是肠道内的健康菌群（主要是小肠内的），它的好处：
一是快速补充肠道有益菌的不足 刺激消化液分泌；
二是定植肠道后，形成机体的第一道保护屏障；
三是保护和促进肠纤毛上皮细胞发育。因其本身就无害，所以没有弊，只有利。
菌种类型和多样性：人体肠道内存在大约400-500种不同的细菌，而肠道菌群的多样性对于健康至关重要。高质量的益生菌应包含多种不同的菌种，以模拟自然肠道菌群的多样性。这样的益生菌可以更全面地调节肠道菌群平衡，增强肠道功能，并可能有助于提高免疫力。相比之下，单一菌种可能无法提供同样的效果。
菌种数量和活性：益生菌的效果很大程度上取决于其数量和活性。在到达肠道之前，益生菌必须能够在胃部的酸性环境中存活。因此，选择具有耐胃酸和胆汁特性，并采取了包埋技术或其他专利技术来保护活性的益生菌产品尤为重要。此外，益生菌的数量应满足一定标准，如《益生菌类保健食品评审规定》中规定的活菌数量不少于10^8 CFU/ml(g)。
菌株编号：明确标注的菌株编号是益生菌产品安全性和功效性的重要指标。具有明确编号的益生菌通常意味着它们经过了严格的医学临床试验，验证了其安全性和功效。而没有编号的益生菌可能缺乏这些验证，其效果和安全性可能无法得到保证。
益生菌的好处是可以调节肠道菌群平衡，促进消化吸收，提高身体的免疫力，特别是经常使用抗生素的人群要常喝。坏处是喝多了会有依赖性。