医师执业资格证书不由用人单位保管，据《关于规范医师资格证书等相关证件管理的通知》有关规定：医师资格证书、医师执业证书、护士执业证书是行政机关作出准予行政许可决定颁发的行政许可证件，根据相关法律法规规定，用人单位不得扣押医师资格证书等证件原物。

医疗机构为完善医务人员人事管理档案的，可以保管医师资格证书等证件复印件。

所以医师执业资格证书由医师本人自行保管。

医师执业资格证书：是通过全国统一的执业医师资格考试和执业助理医师资格考试后，由国家卫生计生委统一发放的，是我国从业医师必须拥有的证书，属于医疗技术方面的认可，证明持证人具有独立从事医疗活动的技术和能力，证书永久有效。