到达海南的火车一般会在海口东站或海口站停靠。海口东站位于海口市秀英区，是海南省内重要的铁路枢纽站之一，处理多数经过海南岛的高速列车和部分普速列车。海口站（原名海口火车站）位于海口市琼山区，主要服务普速列车，包括一些长途列车和海南环岛列车。具体停靠的站点取决于所乘坐火车的路线和类型。建议在购票和规划行程时，查看具体的列车信息以确定停靠站点。
海南火车轮渡是将整个火车转移到轮渡船上，然后再通过轮船运输进行横跨大海。火车首先进入轮渡口，之后接收机械引导进入轮渡船上。
一些技术工人还会使用极高放大的火车心脏搬运设备来保证铁路升降台准确对接，从而确保火车进入船舱中央，避免左右晃动。
一旦确认火车运输安全，操作员解除升降台和悬挂架固定处的备用悬挂钩，并使用电动缆绳调整船舱的高度，以安全地离开火车。
每个车箱的船舱都有6至8个定位器，以固定所有的马路铁路车辆，从而确保整个火车的安全运输。