在于签证持续时间和允许入境的次数不同。
3个月多次签注意味着签证持续时间为3个月，但持有人在这段时间内可以多次入境。
而一年两次签注则意味着签证持续时间为1年，但持有人在这段时间内只能入境两次。
3个月多次签注一般适用于经常需要短期往返于中国和其它国家之间的人，例如商务人士、学生和探亲者。
一年两次签注则适用于只需要偶尔前往中国的人。
不过无论是哪种签注，入境时都需要符合中国的移民法规。
同时，持有人必须确保在签证有效期内不要超过允许的停留时间。
在于签证持有人可以在签证有效期内多次出入境的次数不同。
对于3个月多次签证，持有人在签证有效期内可以多次出入境，每次停留时间一般为30天左右；而对于一年两次签证，持有人在签证有效期内只可以两次出入境，每次停留时间一般为180天左右。
3个月多次签证的优点是持有人可以在有效期内多次出入境，适合需要频繁出入境的人士，也更加灵活方便。
但缺点是停留时间有限制，且签证有效期短，需要持续续签。
而一年两次签证的优点是在签证有效期内可以多次停留，每次停留时间较长，适合固定旅行安排的人士。
但缺点是每半年只能出入境两次，不够灵活，也不能频繁出入境。
在选择签注类型时，您需要根据您的具体情况和目的进行选择。常见的签注类型包括旅游签证、商务签证、学生签证、工作签证等。
如果您是为了旅游目的，可以选择旅游签证；如果您是为了商务活动，可以选择商务签证；如果您是为了学习，可以选择学生签证；如果您是为了工作，可以选择工作签证。根据您的具体需求和签证政策，选择适合您的签注类型，以确保您的签证申请顺利通过。