处理方法如下:如公司确实多缴纳税费，首先需要根据相关规定向主管税务局提出退税申请。

纳税人申请退税时需要准备的资料如下:

1.《退税申请表》；

2. 完税凭证等已缴税款证明原件、复印件；

3.申报表原件、复印件；

4.纳税人书面申请或其他说明材料。