史前南京猿人头盖骨和相关遗迹表明，距今约60到100万年前，在南京地区就有了古人类的活动。

南京地区在6000年前就出现了原始村落，20世纪50年代发掘的北阴阳营遗址所处的年代约为前4千年至前3千年，北阴阳营文化属于长江下游地区新石器时代文化类型。

南京地区早期文化遗存还有200多处，其中著名的有点将台文化和湖熟文化。