水门将九尾封印在鸣人身上的原因有以下几点：

木叶在第三次忍界大战后非常虚弱，九尾人柱力的战力对木叶至关重要。

存在一个强大的敌人，即疑似宇智波斑的面具男，他能够通灵召唤控制九尾。

水门为了守护村子的安宁，决定让鸣人成为九尾人柱力。