深圳市少儿医保扣款时间一般在每年的9月20日至10月30日期间，由社保机构统一通过银行托收。家长也可以选择在托收银行账户里存够款项，方便扣款。如果家长对少儿医保扣款有疑问，可以向社保局咨询。