农村厕所改造后产生的污水可以通过多种方式进行处理。一种常见的方式是建设生物池，将污水排入其中，经过菌群分解、过滤等处理，降解有机物质，使污水达到排放标准。另外，也可以采用沉淀池等工艺进行处理。此外，对于产生的污水，应制定科学的排放计划，合理利用其资源价值，如农业灌溉、沼气生产等，实现资源化利用，减轻对环境的污染。
以下是农村厕所改造原理：
干封式厕所 。其排气管类似烟囱，湿气上行，清掏口晒板吸热，储粪槽负压状态下，水分易于蒸发，减少了粪污的体积，为污物的减量化创造了条件。并且大小便分离，尿液在密闭、低温的条件下可以保存不受污染。如厕后储粪槽内大便用干燥物覆盖，细菌与空气隔绝，还有利于粪便水分挥发，是去除户厕臭味、减少蚊蝇、改善户厕卫生条件的最佳措施。
三格化粪池厕所 。其设计的基本原理是利用寄生虫卵的比重大于粪尿混合液而产生的沉淀作用及粪便密闭厌氧发酵、液化、氨化、生物拮抗等原理除去和杀灭寄生虫卵及病菌，控制蚊蝇滋生，从而达到粪便无害化的目的。
农村厕所改造后若存在污水，可以采取以下几种处理方式。
首先，可以采用分离式生态化厕所，通过分离尿液和粪便，让尿液经过处理后可以作为肥料，粪便则进行沼气发酵和堆肥处理。
其次，可以使用沼气池来处理粪便和厕所废水产生的污水，污水经过沉淀和过滤后排放或者再回收利用。此外，也可以采用生物滤池，通过物理、化学和生物作用的综合处理，达到净化的目的。最后，必须保证良好的运行维护，以确保设施的正常使用和处理效果。