如果支付宝备用金500还款被错误地扣了两次，多扣的部分是可以申请退还的。
你可以通过以下步骤申请退款：
打开支付宝应用，进入“我的”页面，找到“账单”选项，点击进入。
在账单页面中，找到被重复扣款的备用金还款记录，点击进入。
在还款记录页面中，找到“申请退款”选项，点击进入。
根据页面提示，填写相关信息并提交退款申请。
等待支付宝客服审核并处理你的退款申请。
需要注意的是，退款申请的成功与否取决于具体情况，如果是因为支付宝系统错误导致的重复扣款，一般情况下是可以成功退款的。但如果是因为个人操作失误导致的重复扣款，可能需要提供更多的证据和信息来支持退款申请。
如果遇到困难或疑问，可以联系支付宝客服寻求帮助。
支付宝备用金初始化指的是在支付宝账户中设置一定金额的备用金，用于在用户支付时，当支付账户中余额不足或出现支付异常的情况下，可以先从备用金中扣款完成支付，以保证用户在购物中的顺畅体验。备用金的设置可以自行调整，也可以随时关闭或重新开启。这项功能可以帮助用户避免因支付账户余额不足或其他原因导致支付失败的烦恼，同时还能保障支付的安全性和稳定性，提高用户的支付体验。