1.船舶工程专业：哈尔滨工程大学的传统优势专业，学科实力雄厚，承担和参与了大多数现役的海军各类水面舰船、常规潜艇、核潜艇、水中兵器等武器装备的研制，是我国发展海洋高技术的一支重要力量；
2.水声工程专业：源于1953年中国人民解放军军事工程学院海军工程系声呐专业，20世纪60年代，哈尔滨工程大学创建了我国第一个水声专业，现已成为我国水声行业高层次人才的主要培养基地；
3.自动化专业：全国前十，电气工程及其自动化，探测制导与控制技术；
4.核工程与核技术专业：目前设有核动力装置、核动力装置测试与控制两个培养方向，课程设置体现了以培养船用核动力设计和研究人才为主，兼顾核电站和常规电站运行人员的培养方针；
5.动力与能源工程专业：由中国人民解放军军事工程学院海军工程系的船舶动力装置专业发展而成。
经过50多年的发展和建设，现已成为我国舰船动力领域人才培养的主要基地。
该专业学生就业形势好，就业地点多集中在北京、上海、深圳等IT产业发达及沿海城市，就业单位多在跨国公司、国内500强企业，以及金融、银行等行业，本科毕业生的平均起薪达4620元每月。
软件工程专业包括:计算机网络与信息安全、服务科学与企业信息化、数字化媒体与语言处理、嵌入式软件开发与应用四个专业方向，其中软件工程技术、服务科学与企业信息化、嵌入式软件开发与应用三个专业方向已被批准为教育部第二类特色专业，得到教育部的重点资助。
本专业的课程设置与企业需求紧密结合，使学生在理论分析能力、系统设计能力、软件开发能力、经营管理能力、实践动手能力和英语交互能力等方面得到培养。
在注重学生专业理论知识培养的基础上，软件学院重视学生实践技能与动手能力的培养，通过课程实验、课程设计、综合设计、企业实训、工业实习等环节切实提高学生的实践能力，使学生具有较强的就业竞争能力。
1. e唯协会：协会成立于2001年，由信息与通信工程学院发起，以国家电工电子教学基地为依托的全校性电子爱好者和控制模型爱好者组成的校级学生社团。
2. 太平洋海工俱乐部：成立于2013年，是学校第一个校企结合、企业资助的学生社团，由南通太平洋海洋工程有限公司与学校船舶工程学院、动力与能源工程学院、自动化学院联合发起。
3. 吉他协会：成立于1992年的吉他协会是学校最早的社团之一。
4. 绿色协会：由材化学院团委发起的绿色协会成立于2000年，旨在加强在学校乃至全市、省范围内环保知识的宣传力度，并开展各类环保实践活动。