城镇医疗保险和农村合作医疗最大的区别是针对不同户口的人群，城镇医疗保险针对当地城镇户口，农村合作医疗针对当地农户，此外在交费上，城镇医疗保险比农村合作医疗高，但同时，报销待遇上也比农村合作医疗高。