1. 优先偿还劳动者的工资、医疗费用和社会保险费用等。
2. 其次偿还政府部门的税费等。
3. 再其次优先偿还拍卖财产的拍卖费用。
4. 若还有余额，再偿还债权人的债务，包括罚款、利息等等。
5. 如果还有剩余款项，可以归还拍卖申请人的相关成本费用。
因此，在还清优先顺序的费用后，剩下的款项才会被用来还房东的房租。但是在实际操作中，可能出现一系列的情况，例如拍卖的收入不足以偿还所有的优先顺序费用，或者拍卖被债权人取消等等，所以具体的情况需要根据实际情况进行判定。
在法院拍卖工厂设备的情况下，首先应该依法将已有的债权分配优先级，按照优先级逐个清偿。如果房东的合法房租欠缴，通常会排在债权人之后，因为房东的权益在此时不如债权人。
但是也有例外的情况，比如当工厂设备的价值远大于房租欠缴的金额时，法院也有可能先将房租进行清偿。总之，法院会根据具体情况进行判断和处理，确保各方权益得到适当的保障。