就业协议书不会影响档案归属。就业协议是毕业生、用人单位和高等学校之间签订的协议，作为制定就业计划和派遣的依据。如果毕业生与用人单位签订就业协议，学校会将毕业生的档案转移到用人单位或单位所在的人才市场。如果毕业生未签订就业协议，学校会将档案转移到毕业生的户籍所在地的人才市场，最多免费保存两年。档案的转移通常是公对公的方式，个人无法直接拿到自己的档案。这是国家规定，以确保档案的真实性和完整性。