工程开票是按结算金额开票的，因为结算金额是双方共同协商后确定的合同金额，包括材料、人工、机械费用、税费等，也是最终支付的金额。
开具工程发票需要注明开票金额和含税金额，开票金额和结算金额应该一致，以达到合同约定的目的。同时，开票金额的准确性对于税务的处理和企业的财务管理也至关重要。
工程开票后的做账方法如下：
开工程增值税发票 。借记银行存款或应收账款，表示收到客户支付的款项，入账时记录在银行存款账户或应收账款账户中；贷记主营业务收入，表示销售商品或提供服务所获得的款项收入，相关的发票金额应在主营业务收入账户中计入；应交税费-应交增值税（销项税额），这是企业收到工程款所要支付的税费，应该计入应交增值税账户中。
收到工程款 。借记银行存款，表示收到客户支付的工程款项；贷记预收账款-工程，因为在开展工程业务时，客户有可能会在工程开始之前支付部分工程款项作为预付款。
工程完成时或可按百分比确认收入 。借记预收账款，企业在接受客户的工程预付款时，需要记录这部分款项是预收款。
是的，一般情况下工程必须开具专用发票，因为工程项目属于应税劳务，需要按照税法规定进行发票开具并缴纳税款。此外，如果工程发票不符合规定，将会被税务部门认定为无效发票，甚至可能会被罚款或处罚。因此，为了避免影响企业的正常经营和合规性，建议企业在开工程发票时一定要按照相关规定进行操作。