天然菩提的颜色多种多样，有紫色、绿色、褐色和棕色等。其中，最常见的色彩是紫色。这种色彩来自它特殊的结构，木质部分由褐色漆料包裹而成，可以使得它散发出淡淡的深紫色光泽。此外，它也有一些绿色和棕色的变种，它们看起来更加温和而不显得那么张扬。
菊花石都有很大的观赏价值，越是石头上菊花图案越多越是收到藏者的追捧。
而天然的菊花石受到大量的开采已经很少了，这种情况下就有人打起了做假的念头。什么东西都是这个样，有人喜欢花钱不好买，就会有人做出让你喜欢的东西，也算是属于迎合市场需求吧。
天然菩提手串的主要特征是颜色和质感。正宗的天然菩提手串颜色深沉均匀，质感光滑细腻，触感舒适，没有任何刺激性气味。
如果手串表面有坑洼，或者颜色不均匀，很可能是染色或者用其它材料替代的伪装品，此时建议认真看清商家提供的证明材料，以及手串的成分标识，以免上当受骗。另外，一些地方产的菩提子手串可能会有不同的款式和加工工艺，但都应该符合天然菩提手串的基本特征，消费者购买时可以多加留意。