想要给锦鲤治水霉病，首先要适当升温，通常要升到30℃左右，但每天不能超过3℃，升温后还要适当换水，每次换四分之一，之后要保持这个温度，一直到鱼儿康复。
对于病情较重的鱼儿，靠升温无法治愈，需要准备一个专门的水桶，里面倒入粗盐和甲基蓝，放入鱼儿浸泡半小时即可。
当确定锦鲤得了水霉病之后，可以尝试用福尔马林100250ppm，流浴1小时；或者是选用无碘盐，1-1.5%，浸泡病鱼20-30分钟；也可以使用孔雀石绿，但这仅限于观赏鱼使用。此外，如果如果锦鲤发生细菌性混合感染时，则需配合抗生素治疗；而亚甲基蓝2ppm次日再一次能取到很好的效果。
在水族箱中，锦鲤水霉病可以通过高锰酸钾浸泡治疗，具体浸泡时间的长短要根据水族箱的情况而定。一般而言，可以按以下步骤操作：
1.先将锦鲤单独放入一只备用水箱中。
2.将大约10-20mg/L的高锰酸钾加入备用水箱中，搅拌均匀。
3.将锦鲤放入高锰酸钾溶液中浸泡，观察病情是否有改善。
4.根据锦鲤的病情轻重，浸泡时间可以从几分钟到几小时不等。如果只是轻微的水霉病，可以浸泡10-20分钟；如果病情较重，可以延长至30分钟或更长时间。
5.将浸泡后的锦鲤取出，放回原先的水族箱中，并观察其病情变化。