基金份额合并的理由是因为基金的单位净值太低了。在分级基金的投资中，如果B份额的单位净值过低，那么杠杆就会提高。为了规避风险，需要通过合并份额来提高单位净值，并对A份额进行相应的调整，以降低投资杠杆。