凌晨电子眼仍然会拍摄违章行为。电子眼是一种用于监控交通违法行为的设备，它可以全天候工作，无论是白天还是夜晚都能够拍摄违章行为。因此，如果在凌晨有人违反交通规则，电子眼仍然会记录并拍摄相关证据。