明十三陵是明朝第一位皇帝朱元璋的长子建立的，其规模庞大，包括了皇帝、皇后、妃嫔、太监等人的陵墓。因为当时的皇帝有吉凶之说，所以朱棣在位时将父皇的灵柩入葬在景陵，这样加上建陵四座（昭陵、景陵、定陵、神陵），共有十三座陵墓。

而为什么不是十六座呢？主要是因为在明朝时期，前几位皇帝建陵时，陵墓的规模比较小，其中一些陵墓在后来也被毁坏或迁移了，因此不能算作明朝正式建立的陵墓。同时，还有一些皇帝去世后并没有葬在明十三陵附近，如明成祖朱棣、明英宗朱祁钰等人的陵墓就在其他地方。

总体来说，明十三陵之所以不是明十六陵，主要是因为有些陵墓在明朝时期并不是正式建立的陵墓，同时也存在一些皇帝的陵墓不在此处。