1988年成立建筑学院，设建筑系和城市规划系，目前，学院设有4个系：建筑系、城市规划系、景观学系和建筑技术科学系；8个研究所：建筑设计研究所、建筑历史与文物建筑保护研究所、住宅与社区研究所、建筑美术研究所、景观园林研究所、资源保护与风景旅游研究所、建筑与技术研究所和建筑环境与设备工程研究所；1个中心：国家遗产保护研究中心。
3个规划设计实践基地：清华大学建筑设计研究院、北京清华城市规划设计研究院、北京清华安地建筑设计顾问有限责任公司。
此外，跨院系成立的科研综合体清华大学建筑与城市研究所、清华大学人居环境研究中心和清华大学建筑节能研究中心依托在建筑学院。
还有3个省部级实验室：建筑节能教育部工程研究中心、生态规划与绿色建筑教育部重点实验室、空间信息技术国家文物局重点科研基地。