获取方法：大师球在水舰队的藏身之地，先去凯那市触发水舰队偷潜水艇剧情；随后来到水静市的海边，用冲浪术往上走；发现一个洞口，就是水舰队的藏身之地；进去以后发现很多传送用的圆圈，站在圆圈上可以传送到另外一个位置；走有两个水舰队成员的地方有个圆圈，进入；之后来到一个许多传送圆圈的地方，站在第一排三个走最左边圆圈；传送到第二排最右边，然后走中间传送圆圈；最后来到一个有四个球的小房间里；右边的两个球是玩皮蛋，左下角的球是金色珠；最里面的球即大师球。
1.
4.5版本：拿到怪力术和火系道馆徽章，去武斗镇的石之洞窟，一个被石头挡住的地方，使用怪力推开即可获得破坏因子。
2.
5.0或
5.0EX版本：一周目剧情结束后，去武斗镇的石之洞窟，直接进入，洞窟内的前火箭队科研人员会提问人类能否战胜大自然，回答否即可。
3.目前游戏仍在由制作组及内测组进行小幅的优化及更新，更新的方向是完善漆黑所体现的五代环境，在保留口袋妖怪的世界观的基础上，引入平行世界的概念，美化了大量素材。
1.到达橙华森林里的古建筑里冲浪，往里走，穿过右边的楼梯；
2.点击尽头的玻璃罩台，即两边各一个白圈的传送器，即可得到黑色的月食之羽；
3.到达水静市上台阶最右边的房子即遗忘爷爷右边的房间，躺在该房间里的床上睡觉；