只有三个未解之谜。第一个谜题；便是它是如何建造起来的，这不啻为远古人类建筑史上的奇迹。石阵的主要石料为蓝砂岩，按理说，石阵的推测建设年代距今远达好几千年，此处的先民应当处在生产力水平极为低下的时候，而他们不但将坚硬的整块巨石从山体上凿下来，经过精心的打磨后，运至石阵建设地，且还要将这些均重达30多吨的石块立起或架在石柱之上，其难度是无法想象的。

第二个未解之谜，是巨石阵的功用。有学者研究指出，巨石阵的主轴线、通往石柱的古道与夏至日的日出地处于同一条直线上；之中两块巨石的连线直指冬至日落的方向；另有一石指向立夏和立秋两天日落的方向，一石则指向每年立春和立冬两日的日出方向。所以，巨石阵应当是一座古老的天文台。但持反对意见的学者认为，既是天文台，为何要动用如此大的力气建成石质的，而不用轻便的木料建成。当然，还有人认为这里是古老的墓群，兼作祭祀之用。

第三个谜题，是巨石阵的声学特性。英国科学家经研究发现，巨石阵里的石块能够精确地反射巨石阵内部的回声，并齐集于石阵中心产生共鸣。

总之，巨石阵是生活在这里的远古先民留给人类的一个巨大谜题，虽然目前为止仍然疑团重重，但这并不影响我们从中窥见此处曾经生活的欧洲先民们的强大毅力和聪明才智。