校车载人扣分的标准主要根据不同的交通管理规定而定。在一些地区，校车载人超员情况属于严重交通违规行为，可能会被扣除相应的驾驶执照分数，并且需要接受相关处罚。一般来说，校车超员越严重，所扣除的驾驶执照分数也越多。因此，为了保证校车安全运营，校车驾驶员应当严格遵守相关的交通规定，特别是在载人时要严格遵守人数限制，避免超员的情况出现。
根据我国《道路交通安全违法行为记分管理办法》，校车驾驶员在以下情况下会被扣除三分：
1.驾驶校车在道路上行驶时，载人超过核定人数的。
2.驾驶校车未按照规定线路行驶的。
3.驾驶校车违反规定时间行驶的。
4.驾驶校车未按照规定速度行驶的。
5.驾驶校车未按照规定配备逃生装置的。
6.驾驶校车未按照规定安装安全设备的。
请注意，各地具体规定可能略有不同，请以当地交警部门的规定为准。同时，为了确保校车安全，驾驶员应严格遵守相关法规，保障孩子们的安全。