EMS上海的件去南京集散中心是因为南京集散中心是EMS全国的重要枢纽之一，用来收集和分配来自各地的快递包裹。

通过将上海的快递件运往南京集散中心，可以更好地实现快递物流的集中、配送和调度，提高EMS服务的效率和速度。

此外，南京集散中心还有先进的物流设施和技术支持，能够更好地处理大量的快递包裹，并实现及时跟踪和配送。

因此，将EMS上海的件运往南京集散中心是一种优化快递物流的有效策略。