祁连山的平均山脉海拔在4000米～5000米之间，雪线之上的海拔高度通常在4400米至4600米之间。然而，受全球气温变暖影响，祁连山的雪线正在以年均2米到6.5米的速度不断上升。
这种变化对当地的生态环境产生了深远的影响，例如祁连山北坡的冰川退缩率随海拔的升高而下降，尤其是当海拔超过5100 m后，冰川面积无明显退缩。此外，祁连山雪线以上的生物多样性也受到了威胁，例如雪山草甸植物的蘑菇状蚕缀、珍贵的药材——高山雪莲以及一种生长在风蚀的岩石下的雪山草等都在逐渐减少。
祁连山主峰卓尔山海拔为 5545 米，是中国重要的雪山之一。根据资料显示，祁连山的雪线高度约为 4800 米左右。所谓雪线是指大雪纯在寒冷时期形成在地表的亚零度层面。祁连山高峰极寒条件下积雪良多，甚至在永久冰川上发现了伊多尔登冰川（Idogogen冰川）。雪线高度是山区自然环境的重要指标之一，不仅影响着高山生态系统的建立和生物多样性，还关系到冰川消融、地质环境和水文地貌，是山区自然生态环境的一项重要指标。
祁连山风景区是集森林、草原、冰川为一体的自然生态旅游区，位于牛心山的西北部，距祁连县城约十公里，著名景点有石林、祁连山等。