菲律宾圣保罗大学博士专业主要包括：教育管理、宗教教育、体育教育、修辞与语言学、数学教育、护理科学、心理学、科学教育、商业管理、酒店管理、信息技术、公共管理、临床医学等。

除博士专业外，该校开设的本科专业主要包括：会计、企业管理、工商管理、农林经济管理、酒店餐饮管理、旅游管理、产品设计及营销变革、英语语言文学、心理学、生物学、社会工作、公共管理和法制管理、中等教育、小学教育、学前教育等。