根据你说的情况，你在工厂里上班，由于请假了，工资不到五千块钱，但是还是被扣了个人所得税。像这种情况，或许是工厂财务计算有误，也可能是工厂表面扣税，其实并没有上缴。因此，建议你到财务部问清楚。