三格底滤缸滤材一般第一格是进水格，从上至下依次可放置：滤棉—生化棉—生化球（也可以放在溢流区）—菌屋—藤面。

第二格则放置细菌屋等滤材，也可以上半珊瑚石下半细菌屋；第三格是抽水格，可以放置抽水泵，灭菌灯，温度计，加热棒，麦饭石，火山石，沉木等。值得注意的是，加热棒最好放在底滤格之间的夹缝处。