四川省阿坝州的海拔较高，其中海拔两千多米的地区属于高海拔地区。在这样的海拔高度上，种植瓜子需要考虑一些因素，如气候、土壤和灌溉条件等。

首先，瓜子作物对气候的要求相对较高，需要充足的阳光和适宜的温度。在高海拔地区，由于气温较低，光照时间可能也较短，这会对瓜子的生长产生一定的影响。

所以，在选择种植瓜子时，需要选择适应当地气候条件的瓜子品种。

其次，土壤条件也是影响瓜子种植的重要因素。瓜子喜欢生长在肥沃、疏松、排水良好的土壤中。在高海拔地区，土壤条件可能会受到一定的限制，如土壤贫瘠、排水不良等。

所以，在种植瓜子前，需要对土壤进行适当的改良和施肥，以提高土壤肥力。

最后，灌溉条件也是影响瓜子种植的重要因素。在高海拔地区，由于气候干燥，降雨量较少，因此需要进行适当的灌溉才能保证瓜子的正常生长。

综上所述，在四川省阿坝州海拔两千多米的地区种植瓜子是可行的，但需要选择适应当地气候条件的瓜子品种，对土壤进行适当的改良和施肥，以及保证充足的灌溉条件。

也需要注意当地的气候变化和土壤条件等因素，及时采取相应的措施来保证瓜子的正常生长。