杂交育种的原理是:基因重组（或异源DNA重组）。

杂交育种是将两个或多个品种的优良性状通过交配集中在一起，再经过选择和培育，获得新品种的方法，杂交可以使双亲的基因重新组合，形成各种不同的类型，为选择提供丰富的材料。

杂交育种可以将双亲控制不同性状的优良基因结合于一体，或将双亲中控制同一性状的不同微效基因积累起来，产生在各该性状上超过亲本的类型，正确选择亲本并予以合理组配是杂交育种成败的关键。