全面注册制对于现有上市公司是利空。对现有上市公司的影响主要是负面的，对国企上市公司的影响也主要是负面的。
全面注册制意味着公司上市的门槛和标准会降低。将有越来越多的公司上市，从而稀释上市公司整体的估值水平，并分走市场上的一部分资金，导致原有的上市公司估值水平下降，股价下跌，国企上市公司也会因此受到影响，股价会出现下跌。
（1）创业板企业上市的速度加加快，因为注册制对企业上市的条件有所放宽，且监管机构只做形式性的审查。
（2）创业板股票价值将进一步分化。由于监管只做实质性的审查，股票的价值完全由市场来判断，因此市场将会更加趋向理性、细致，资金将往更有价值的股票集中。
（3）退市风险将加大。注册制的前提下，退市的指标将更加多，其中包括“连续20个交易日市值低于5亿元”的退市指标，另外退市的流程也将进一步简化。