借款人商业住房贷款发放后，借款人及配偶签订委托还贷协议，管理中心根据借款人及配偶的委托和贷款银行上传职工上月已归还商业性个人住房贷款本息的情况，于每月10日开始，以转账方式自动划转借款人及配偶缴存账户中部分金额用于报销上月已归还商业性个人住房贷款本息。
2、住房公积金部门对贷款进行审批
3、审核通过后需要与银行签订贷款合同或担保合同
4、填制贷款转账凭证，并按照合同约定将贷款账户一次或分次转入银行开立的售房款账户内。
5、贷款下款后，按照合同约定的还款方式以及还款计划，偿还贷款本息。
6、合同执行期间用户可向银行提出变更借款方式、还款期限、还款方式等申请。审核通过后即可办理合同变更手续
7、贷款还清后，即可在银行开具贷款结清证明，并办理抵押注销业务。
13个月的金额作为余额
南京市公积金贷款，办理逐月代扣还贷，需要留13个月的金额在账户里。
住房公积金，是指国家机关和事业单位、国有企业、城镇集体企业、外商投资企业、城镇私营企业及其他城镇企业和事业单位、民办非企业单位、社会团体及其在职职工，对等缴存的长期住房储蓄。