果核蛋龟一般无法通过外观来区分性别，需要经过一定的性别鉴定技术才能确定性别。通常，在果核蛋龟1-3岁时，会有明显的性别特征出现，如雌性可能会有较宽的尾巴和较粗的腰部，而雄性可能会有较长的尾巴和较突出的下巴。但在性成熟之前，难以准确确认性别。
看体型：要判断果核龟苗品相好不好，首先就要看它们的外形。饲养者可以从正面、侧面、以及反面来判断。好的果核龟，从正面看，两侧的高度不能有差距，更不能有高低背。从侧面看，背甲的突起的弧线是流畅的，体型圆润，看起来比较可爱。从反面看，腹甲不能有凹陷，也不能有错甲或腐甲的情况。
2、看头纹：品相最好的果核龟，头部的纹路是比较密集和均匀的。没有头纹的次之，有一些头纹比较少的，就不属于好品相。
3、看颜色：果核龟成年以后颜色会发生较大的变化，所以幼年时期的果核龟不能依靠颜色来分辨。但饲养者可以通过颜色是否均匀来判断它们的品相
挤尾巴能看出公母
一般情况下，对于年龄相同的果核蛋龟来说，体型大的是母龟，体型小的是公龟。
还可以通过它们的尾巴来区分。可以看尾巴的粗细，尾巴的基部粗的是母龟，尾巴的基部较细的是公龟;还可以看尾巴的长度，尾巴较长的是公龟，短的则是母龟。