两个

东莞南站一共是三层，高架二层是站台层，一共是有两个进站口，高架一层则是属于候车大厅，在南面有专门的汽车落客通道。地面一层，是属于架空层，有专门的出站口，还有在站房的两侧另外设有南北站的广场。