如果农村自建房地面面积大于国家规定的限制，就不能办理房产证，这是法律规定。如果地面面积没有超出限制，就可以向当地房管部门申请办理房产证。但需要注意的是，农村自建房的房产证仅能是“农村房屋所有权证”，不能是“商品房房产证”，且办理过程相对较为繁琐，需要先办理规划许可证、施工许可证、竣工验收等手续，满足相关条件后方可办理。
此外，如果该自建房是将村集体土地上的住宅用于个人或家庭居住，还需要取得村委会或乡镇政府的同意。
1、如果农村自建房超平，则需要进行合法化处理才能办理房产证。
2、农村自建房属于违章建筑，需要进行合法化处理，包括申请规划建设、竣工验收等手续。
3、如果房屋符合规划建设标准，经过竣工验收，并且在土地使用权、房屋所有权等方面的手续齐备，就可以办理房产证了。
4、需要注意的是，如果房屋不符合规划建设标准或者土地使用权、房屋所有权等方面的手续不齐备，就无法办理房产证。
此时，需要根据实际情况进行合法化处理。
需要具体情况具体分析。
如果是因为建房者违法擅自超高一米的话，需要根据相关法规进行处罚。
根据《建筑法》等法规规定，超过规定高度的建筑是违法的，建筑主体责任人需要按照规定进行拆除或整改，并受到行政处罚。
如果是因为建筑过程中不可抗拒的因素导致了超高一米的情况，需要进行相应的补救措施，并及时上报相关部门。
总之，处理此类问题需要全面考虑具体情况，按照法律法规进行处罚，维护公共利益和社会秩序。