由来并没有明确的历史记载，但根据现有的信息，可以推测其可能与当地的民间传说和文化有关。奶奶庙在当地被称为薄姬圣母庙，历史悠久，存有两个石碑为证，一为弘治十七年的薄姬圣母感应碑，一为清乾隆三十五的重修薄姬圣母祠碑1。奶奶庙实际上叫薄姬圣母庙，这里殿堂林立，主殿是奶奶庙。薄姬圣母庙历史悠久，目前存有两个石碑为证，一为弘治十七年的薄姬圣母感应碑，一为清乾隆三十五的重修薄姬圣母祠碑1。

此外，奶奶庙建在高台之上，建筑面积500多平方米，经过唐、清两朝复修，现保存完整的有主殿8间，南房过廊前13级台阶2。奶奶庙殿前有一棵古柏，树龄700余年，三人方能合抱，树身围长5米有余，高约16米2。

综上所述，山西太谷凤凰山奶奶庙可能是在唐代贞观年间由唐朝初建时修建的，后来经过明清两朝的复修和重修，形成了现在的规模和格局2。而其名称“奶奶庙”和“薄姬圣母庙”则可能与当地的民间信仰和历史人物薄姬圣母有关1。