交通运输安全二级企业的作用是保障客运、铁路、水路、航空等交通运输安全，以便营造安全交通环境，提高旅客出行和货物运输的安全性，同时降低交通运输设施损坏率，改善交通运输服务质量，促进社会经济发展。