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原理：碱裂解法提取质粒是根据共价闭合环状质粒DNA和线性染色体DNA在拓扑学上的差异来分离质粒DNA。
在酸碱值介于
1
2.0到
1
2.5这个狭窄的范围内，线性的DNA双螺旋结构解开而被变性，尽管在这样的条件下，共价闭环质粒DNA的氢键会被断裂，但两条互补链彼此相互盘绕，仍会紧密地结合在一起。
当加入酸碱值
4.8乙酸钾高盐缓冲液恢复酸碱值至中性时，共价闭合环状的质粒DNA的两条互补链仍保持在一起，因此复性迅速而准确，而线性的染色体DNA的两条互补链彼此已完全分开，复性就不会那么迅速而准确，它们缠绕形成网状结构，通过离心，染色体DNA与不稳定的大分子RNA等一起沉淀下来而被除去。
方法：碱裂解法。
使用碱与SDS裂解法从大肠杆菌中分离制备质粒DNA已有30多年的历史。