济宁医学院比长治医学院好，其部分原因如下所示：
1.地理位置方面：济宁医学院位于山东济宁市，是全国大型城市，地处孔孟之乡，学风浓郁；而长治医学院坐落于山西省长治市，地理位置稍逊。
2.医学专业方面：济宁医学院有全省唯一的医学类国家级精品课程，2个国家级特色专业，2个省级特色专业，5个重点学科，专业质量及其数量好于长治医学院。
3.医学期刊方面：济宁医学院发行亚洲唯一的行为医学期刊，《中国行为医学与脑科学》，特种医学文献影响因子国内前三，比长治医学院好；
4.附属医院方面：济宁医学院的附属医院是全国一流的，特别是心外科，全国前十，山东第一，全国前十的心外医院，只有济宁医学院附属医院是唯一的三甲综合医院，其他的全是专科医院；而长治医学院则稍逊一筹。
二者各有千秋。
济宁医学院的前身是创建于1952年的山东省济宁医士学校，位于山东省济宁市，1958年改为济宁医学院，招收第一届本科生。
1959年改为济宁医学专科学校。
1987年1月经原国家教育委员会批准更名为济宁医学院。
2008年4月学校以优秀成绩顺利通过国家教育部本科教学工作水平评估。
截至2013年6月，济宁医学院有济宁、北湖、日照3个校区，占地总面积为124万余平方米，建筑面积67万余平方米。
菏泽医专是一所省属高等医学院校，坐落在著名的牡丹之乡牡丹区西郊。
其前身是平原省菏泽卫生学校，始建于1980年冬。
1985年经山东省人民政府批准改建为菏泽市医学专科学校，设五年制医疗专业，后几经调整，1988年经国务院批准，定名为菏泽医学专科学校。
济宁医学院属于二本院校，山东考生2017年的录取最低分数线为498分。
济宁医学院的前身是创建于1952年的山东省济宁医士学校，位于山东省济宁市，1958年改为济宁医学院，招收第一届本科生；1959年改为济宁医学专科学校；1987年1月，经原国家教育委员会批准，更名为济宁医学院；2008年4月学校以“优秀”成绩顺利通过国家教育部本科教学工作水平评估。
截至2013年6月，济宁医学院有济宁、北湖、日照3个校区，占地总面积为124万余平方米，建筑面积67万余平方米。
学校固定资产总值
9.45亿元，其中教学科研仪器设备总值
1.9亿元，馆藏图书总量为150余万册。
北湖校区坐落在孔孟之乡、礼仪之邦、素有江北小苏州之称的济宁市北湖新区。
日照校区坐落在黄海之滨、素有“东方夏威夷”之称的日照市。
截至2013年6月，学校有15个教学院系部，下设35个本科专业和专业方向，涵盖医、理、工、管、文五个学科门类。
有1个一级学科专业硕士学位授权点。
学校面向全国26个省、市、自治区招生，有全日制在校研究生、本、专科生16800余人。