微生物分类鉴定依据如下；生态习性：生长温度、酸碱度、嗜盐性、致病性、寄生、共生关系等；血清学反应：用已知菌种、型或菌株制成抗血清，然后根据它们与待鉴定微生物是否发生特异性的血清学反应，来确定未知菌种、型或菌株；噬菌反应：菌体的寄生有专一性，在有敏感菌的平板上产生噬菌斑，斑的形状和大小可作为鉴定的依据，在液体培养中，噬菌体的侵染液由混浊变为澄清；细胞壁成分：革兰氏阳性细菌的细胞壁含肽聚糖多，脂类少，革兰阴性细菌与之相反；红外吸收光谱：利用红外吸收谱技术测定微生物细胞的化学成分，了解微生物的化学性质，作为分类依据之一。
根据氧化还原反应中最终电子受体的不同，分解代谢可分成发酵和呼吸两类。
呼吸根据微生物对氧的需求又可以分成好氧呼吸、兼性厌氧呼吸、微好氧呼吸、耐氧呼吸、厌氧呼吸5种类型。
1.好氧呼吸，是指需要氧气才能生活的微生物的呼吸类型；
2.兼性厌氧呼吸，是指有氧、无氧皆可生活的微生物的呼吸类型；
3.微好氧呼吸，是指大多数进行无氧呼吸，少数进行有氧呼吸的微生物的呼吸类型；
4.耐氧呼吸，是指进行无氧呼吸，但是可以耐受微量氧气的微生物的呼吸类型；
5.厌氧呼吸，是指只能进行无氧呼吸，环境必须无氧的微生物的呼吸类型。
微生物的以下特点使其在环境污染处理过程中起着不可替代的作用:
1.清洁环保:一般化学试剂的加入本身即是对环境的再次污染，反应后的产物不会被大自然吸收;而细菌微生物处理污染物后形成的物质可被其他生物利用或被大自然吸收;
2.可再生:化学试剂多为一次性，而微生物具有繁殖能力，一次投入即可作用较长时间;
3.多功能:对微生物进行改造和筛选后，部分微生物可同时可以处理多种污染物。