微生物种是显示高度相似性、亲缘关系极其接近、与其他种有明显差异的一群菌株的总称。
在生物发展的历史上，曾把所有的生物分为动物界和植物界两大类。
而微生物，不仅形体微小、结构简单，而且它们中间有些类型像动物，有些类型像植物，还有些类型既有动物的某些特征，又具有植物的某些特征，因而归于动物或植物都不合适。
1.微生物在自然界物质循环中起巨大作用，微生物可分解有机物。
2.在农业生产中，微生物是土壤肥力的重要因素，可分解有机残体，促进难溶性矿物转化，固定空气中氮素，增加土壤有效养分，促进土壤团粒结构的形成。
还可利用其进行沼气发酵。
产生多种抗生素，能防治作物病害和杂草。
3.工业生产中有的是直接利用其菌体，有的是利用其代谢产物或代谢活动。
4.环境保护方面，利用其处理污水，污物，毒物，消除污染，保护环境。
5.微生物与人类及畜禽的健康关系密切，如有些生活在动物肠道内，可合成维生素，氨基酸等，为宿主提供营养。
其产生的抗生素可治疗人类及畜禽的传染性病害。
微生物种类多主要表现方面如下：
1.物种的多样性，即微生物的总数在50万到600万之间。
2.生理代谢类型的多样性，有化能自养、生物固氮、紫膜光合磷酸化等多种代谢方式。
3.代谢产物的多样性。
4.遗传基因的多样性，即基因组种类和基因组资源的丰富性。
5.生态类型的多样性，广泛分布于生物圈，在很多极端环境也存在。
微生物是指一切肉眼看不到或看不清楚，因而需要借助显微镜观察的微小生物，包括细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生动物等在内的一大类生物群体。