坏处：
1.自主招生的实际效果与期望之间有不少偏差，自主招生考试与百分之99以上的考生没有直接关系，较大规模自主招生联盟的出现使得自主招生笔试更像另一次高考；
2.对考生总体来说，这是一次机会不均等的不公平竞争。
实际上这是在高考之外给某些人开了“一扇后门”，在现有行政管理体制不甚完善的状态下，谁也不敢保证在有些招生环节不会滋生腐败现象；
3.各个高校之间互出奇招“抢生源”，有些大学自主招生宣传上声称给“偏才”开绿灯，有的以出偏题吸引眼球，有的学校被媒体评为“写篇评论就能上大学”等，这些均与促进中学素质教育的初衷相去甚远；
4.“自主招生还存在着一个更大的问题，就是其过程的公平性。
”有批评者指出，所有自主招生考试都有有形的和无形的门槛。