气温降至13℃以下时，真鳄龟便开始进入冬眠，整个越冬期间，头尾四肢均缩入壳内，双目紧闭，不食不动不排泄，直至出蛰才移动位置，若环境不适时，则难于入蛰，真鳄龟的冬眠温度在1至10℃是适宜的，高于10℃很易引起龟的苏醒，从而消耗体力，而造成龟的体质下降，于来年的生长繁殖都不利，一个冬眠期内多次反复冬眠和苏醒会引起龟的死亡，低于0℃的温度将会冻伤真鳄龟，甚至冻死；人工设置真鳄龟的冬眠场所时必须考虑可能出现温度变化因素，制造冬眠场所的方法是将容器内铺湿的厚沙，普通的河沙即可，沙上用报纸揉团覆盖，真鳄龟会自己钻进沙里冬眠的，一星期补水一次，保持沙以及报纸的湿润；另要注意，真鳄龟到10月左右便不再进食，用稍温的水浸泡龟，用温水刺激龟排便，清理肠道，把留在体内的粪便排干净 以免长时间停留在肠道里引起肠道疾病，停食的半年中其依靠脂肪存活，龟过瘦或吃食状态不好，或者过小的龟，需加温饲养，使其不进入冬眠，将饲养温度调整到28℃，龟会正常吃食，如果不加温，由于储备的脂肪量过少，过瘦或过小的龟很可能因为无法坚持到气温回升而死亡。