1.电泳主要用于电解质和带有电荷的胶体；层析主要用于非电解质,如各种有机物。
2.层析是根据分子大小不同从而实现分离，所以它的分子筛效应是大分子进不去先出去，小分子后出去。
而电泳是根据带电分子在电场中受力不同以致移动速度不同从而实现分离，所以它的分子大小适中都可以进进入层析柱中的空隙。
3.层析靠蛋白质在固定相与流动性之间反复分配实现分离，与溶解性有关；电泳与所带电荷及分子形状有关。
电泳是指带电粒子在电场作用下，向着与其电荷相反的电极移动的现象。
常见的电泳分离常需要以凝胶为载体，不同的凝胶电泳需要不同的缓冲液和相应凝胶，缓冲液起到提供离子导电的作用；凝胶可以支撑分离样品。
带点样品在电场的作用下在凝胶中移动，凝胶中的空隙会对大、小分子产生不同的阻力，使其移动速率不同，从而使目的带与杂带分离。
不同浓度的凝胶会形成不同大小的空隙，所以大分子样品应该用浓度低的凝胶。
电泳和电渗的主要区别：电泳是在外电场作用下带有电荷的溶胶粒子作定向的迁移；电渗是在外加电场下，可以观察到分散介质会通过多孔性物质而移动，即固相不动而液相移动。
在外力作用下使液体在毛细管中经毛细管或多孔塞时，液体介质相对于静止带电表面流动而产生的电势差，称之为流动电势，它是电渗作用的伴随现象；在外力作用下分散相粒子在分散介质中迅速沉降，则在液体介质的表面层与其内层之间会产生电势并差，称之为沉降电势，它是电泳作用的伴随现象。