标记基因，原本是基因工程的专属名词，但是现在它已经成为一种基本的实验工具，广泛应用于分子生物学、细胞生物学、发育生物学等方面的研究。
标记基因是一种已知功能或已知序列的基因，能够起着特异性标记的作用。
在基因工程意义上来说，它是重组DNA载体的重要标记，通常用来检验转化成功与否；在基因定位意义上来说，它是对目的基因进行标志的工具，通常用来检测目的基因在细胞中的定位。
质粒是细菌染色体外的双链环状的能自我复制的小分子DNA，它包含蛋白质，但不是蛋白质。
质粒具有可自主复制、传给子代、也可丢失及在细菌之间转移等特点，质粒与细菌的遗传变异有关质粒对细菌本身的生长繁殖不是必需的，但可以赋予细菌一定的表型，如抗药性等；它是基因操作工程中常用工具中载体的一种；是携带目的DNA片段进入受体细胞进行扩增和表达的工具；质粒的性质中与载体作用关系密切的包括，质粒的复制型，质粒的不相容性，质粒的接合性，多克隆位点，筛选标记。
质粒广泛存在于生物界，从细菌、放线菌、丝状真菌、大型真菌、酵母到植物，甚至人类机体中都含有，从分子组成看，有DNA 质粒，也有RNA 质粒，从分子构型看，有线型质粒、也有环状质粒，细菌质粒是基因工程中最常用的载体。
质粒是细菌、酵母菌和放线菌等生物中染色体或拟核以外的DNA分子，存在于细胞质中，具有自主复制能力，使其在子代细胞中也能保持恒定的拷贝数，并表达所携带的遗传信息，是闭合环状的双链DNA分子。