一共七种关系：种间共处、互生、共生、拮抗、竞争、寄生和捕食。

种间共处：两种微生物相互无影响的生活在一起，不表现出明显的有利或有害关系。

如乳杆菌和链球菌。

互生：微生物间比较松散的联合，在联合中一方或双方都有利。

如氨化菌和硝化菌。

共生：两种微生物紧密结合在一起形成一种特殊的共生体，在组织和形态上产生了新的结构，在生理上有一定的分工。

共生分为互惠共生和偏利共生。

如藻类与真菌共生形成的地衣。

拮抗：两种微生物生活在一起时，一种微生物产生某种特殊的代谢产物或改变环境条件，从而抑制甚至杀死另一种微生物的现象。