清华大学的前身清华学堂始建于1911年，因水木清华而得名，是清政府设立的留美预备学校，其建校的资金源于1908年美国退还的部分庚子赔款。

1912年更名为清华学校。

1928年更名为国立清华大学。

1937年抗日战争全面爆发后南迁长沙，与北京大学、南开大学组建国立长沙临时大学。

1946年迁回清华园。

1949年中华人民共和国成立，清华大学进入了新的发展阶段。

1952年全国高等学校院系调整后成为多科性工业大学。

1978年以来逐步恢复和发展为综合性的研究型大学。

台湾清华大学前身为1911年在北京设立的清华学堂。

1925年设大学部。

对日抗战期间，西迁至昆明，与国立北京大学、私立南开大学合组国立西南联合大学。

国共内战后，清华大学被分成两个，北京的清华大学由中华人民共和国政府接管，而台湾当局则于1955年于台湾省新竹市让清华大学复校，复校之初首设原子科学研究所。

1964年恢复大学部。