一、硝化细菌：属于自养型细菌，原核生物，包括两种完全不同的代谢群：亚硝酸菌属及硝酸菌属，它们包括形态互异的杆菌、球菌和螺旋菌。

亚硝酸菌包括亚硝化单胞菌属、亚硝化球菌属、亚硝化螺菌属和亚硝化叶菌属中的细菌。

硝酸菌包括硝化杆菌属、硝化球菌属和硝化囊菌属中的细菌。

两类菌均为专性好氧菌，在氧化过程中均以氧作为最终电子受体。

大多数为专性化能合成自养型，不能在有机培养基上生长，例如亚硝化单胞菌、亚硝化螺菌、亚硝化球菌、亚硝化叶菌、硝化刺菌、硝化球菌等。

二、光合细菌：光合细菌是地球上出现最早、自然界中普遍存在、具有原始光能合成体系的原核生物，是在厌氧条件下进行不放氧光合作用的细菌的总称，是一类没有形成芽孢能力的革兰氏阴性菌，是一类以光作为能源、能在厌氧光照或好氧黑暗条件下利用自然界中的有机物、硫化物、氨等作为供氢体兼碳源进行光合作用的微生物。

光合细菌广泛分布于自然界的土壤、水田、沼泽、湖泊、江海等处。

三、放射菌：放线菌，是一类主要呈菌丝状生长和以孢子繁殖的陆生性较强大的原核生物。

因在固体培养基上呈辐射状生长而得名。

大多数有发达的分枝菌丝。

菌丝纤细，宽度近于杆状细菌。

可分为营养菌丝和气生菌丝。