大臣们都谴责李陵不该贪生怕死，向匈奴投降。
汉武帝问太史令司马迁，听听他的意见。
司马迁说：“李陵带去的步兵不满五千，他深入到敌人的腹地，打击了几万敌人。
他虽然打了败仗，可是杀了这么多的敌人，也可以向天下人交代了。
李陵不肯马上去死，准有他的主意。
他一定还想将功赎罪来报答皇上。
” 汉武帝听了，认为司马迁这样为李陵辩护，是有意贬低李广利（李广利是汉武帝宠妃的哥哥），勃然大怒说：“你这样替投降敌人的人强辩，不是存心反对朝廷吗？”他就把司马迁下了监狱，交给廷尉审问。
司马迁为创作《史记》经历了失父之痛、宫刑创伤。
失父之痛。
司马迁的父亲曾任太史令，他把修史作为自己神圣的使命，可惜壮志未酬而与世长辞。
公元前110年，汉武帝前往泰山举行封禅大典，司马谈因病滞留洛阳，无法参加。
司马谈固然对于无缘参加封禅大典而无比遗憾，更使他报恨终生的还是未能完成修订史书一事。
于是，他把希望寄托在儿子身上，勉励他完成自己未竟的事业。
司马迁在与父亲生死诀别之际接受了修史的嘱托，修史的决心从此下定。
宫刑创伤，公元前104年，他在参与制定太初历以后，就开始了《史记》的写作。
公元前98年，李陵战败投降匈奴，司马迁因向汉武帝解释事情原委而被捕入狱，并处以宫刑，在形体和精神 上给他造成极大的创伤。
出狱后，司马迁任中书令，他忍辱含垢，继续写作。
司马迁是一个生在新时代，但抱有旧时代特定思想观念而无法放弃的人。
这里说的旧时代特定的思想观念，就是指先秦以来“士”人的自由思想。
我们知道，春秋战国时期出现的“百家争鸣”的文化现象，孕育了个体人格的极大高扬。
孔子“三军可夺帅也，匹夫不可夺志也自主意识，孟子“富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈”大丈夫精神，庄子“乘天地之正，而御六气之辩，以游无穷”[32]的自由意识的无限制驰。